2009年《食品安全法》的颁布实施，将我国的食品安全管理推入一个新阶段。在依法继续履行好农业产业管理体系下的农产品质量安全监管职责的基础上，适应《食品安全法》实施后的新形势，探索依法履行食品安全管理体系下的农产品安全监管职责的适宜体制和机制，是农业部门面临的重大课题。
确立“以产品管理为主”的理念农产品质量监管天然具备农业生产环节管理的特点，但是农产品安全监管需根据产品改变基本自然性状和化学性质的进程确定管理环节的起止，其中大多数鲜食农产品需要实施“从农田到餐桌”的全程管理。因此，农业部门必须创造一套主要围绕产品管理的监管办法，并通过这些办法间接规范产品生产经营主体的行为。
农业产业管理体系下的农产品质量监管与食品安全管理体系下的农产品安全监管既相联系又相区别农产品质量安全监管包括农业产业管理体系下的农产品质量监管与食品安全管理体系下的农产品安全监管两部分。在现有农业行政管理体系中，农产品质量监管的管理授权和管理手段相对完整，今后的主要方向在于改进和提高；而农产品安全监管则属于农业部门近年来的新增职能，其管理授权和管理手段目前还不很完善，有待进一步加强。农产品质量监管的职能，应主要服从农业产业管理的布局，由产业管理部门承担；农产品安全监管的职能，则应主要服从国家食品安全管理的总体布局，由农产品质量安全专业监管部门承担。两种职能的衔接，需要通过农业部门内部的专门行政工作程序来解决。
农产品质量安全监管中的主体管理必须与各环节的授权管理部门协同进行由于农业生产的基础主体———农户，在其自产自销范围内的资质无需进行行政登记，在其自产自销范围外的自治管理范围又不在农业部门，而且我国相关法律法规大多回避了对农户自产自销行为的行政处罚，因此农业部门在实施农产品质量安全监管时，应坚持产品监管依法履责、主体管理依法衔接的原则，与农产品生产经营各环节的授权管理部门协同进行。
食品安全管理体系下的农产品安全监管，是农业部门的一种公共管理职责，而不是产业管理中的行业自律从公共管理视角看待农产品安全监管，管理者的身份是“警察”，而不是“厂长”；管理的目标是社会安全，而不仅仅是产业安全；管理的对象是监管个体，而不是整个产业；管理的手段是行政执法，而不是引导示范。农业部门传统上用于产业管理所习惯的管理理念、管理方法和管理工具，必须根据公共管理的要求加以改进，甚至重建。
政府部门只能承担“发现问题、界定责任、排除危害、实施处罚”的公共责任食用农产品的生产链条长，参与主体多，污染因素复杂，出现安全性隐患的几率很高，任何主体都无权代替所有参与主体向消费者承诺食用农产品的安全程度，包括政府部门本身。《食品安全法》规定食品安全授信者要与食品生产经营者承担相同的法律责任后，政府部门继续使用公共授信的方式进行食品安全的引导示范，已缺乏法律支撑。
